Flådestation Flensborg

Flensborg blev bombet flere gange af de allierede under anden verdenskrig. Angrebene startede i 1942 og var rettet mod værftet på havnen. Der blev i  årene 1942-43 bygget tre zombecktårne og tre marinemandskabsbunkers T750, netop primært til beskyttelse af arbejderne på værftet.

Der blev andre steder i byen bygget flere civile beskyttelsesrum.

Flensborg var i en kort periode i april/maj 1945 regeringsby i Tyskland.  Det skete da Adolf Hitler i sit testamente udnævnte Admiral Dönitz til sin efterfølger. Dönitz fungerede som regeringschef indtil d. 23 maj 1945 hvor han blev taget til fange på flådens skole i Mürwik ved Flensborg.